W skład Biura Ochrony Informacji Niejawnych wchodzą następujące oddziały:
Oddział do spraw Ochrony Informacji Niejawnych - BOIN-I
Kancelaria Tajna - BOIN-II
Oddział do spraw Ochrony Danych Osobowych - BOIN-III

W strukturze Biura Ochrony Informacji Niejawnych funkcjonuje, podlegający bezpośrednio Wojewodzie, Inspektor Ochrony Danych,  
któremu Biuro zapewnia obsługę organizacyjno-administracyjną.

W Biurze Ochrony Informacji Niejawnych ponadto funkcjonuje:
1. Zastępca Pełnomocnika Wojewody do spraw Ochrony Informacji Niejawnych
2. Kierownik Kancelarii Tajnej 

 Informujemy, że:

• Administratorem danych osobowych jest Wojewoda Mazowiecki z siedzibą przy pl. Bankowym 3/5 w Warszawie.
• Administrator wyznaczył Inspektora Ochrony Danych (IOD) - kontakt: iod@mazowieckie.pl lub listownie Mazowiecki Urząd Wojewódzki w Warszawie, pl. Bankowy 3/5, 00-950 Warszawa.
• Przetwarzamy Państwa dane osobowe wyłącznie w celu wykonania zadań Administratora, które wynikają z przepisów prawa oraz zadań realizowanych w interesie publicznym.
• Podanie danych jest dobrowolne, ale niezbędne do prowadzenia sprawy w Mazowieckim Urzędzie Wojewódzkim w Warszawie.
• Odbiorcami Państwa danych mogą być tylko instytucje uprawnione na podstawie przepisów prawa lub podmioty, którym Administrator powierzył przetwarzanie danych na podstawie zawartej umowy.
• Mają Państwo prawo dostępu do treści swoich danych oraz prawo ich sprostowania, usunięcia, ograniczenia przetwarzania, przenoszenia i wniesienia sprzeciwu.
• Mają Państwo prawo wniesienia skargi do organu nadzorczego, tj. Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych. Mogą to Państwo zrobić, jeśli uznają, że przetwarzamy dane osobowe z naruszeniem przepisów prawa.
• Jeżeli przetwarzamy dane osobowe na podstawie udzielonej nam zgody, mogą ją Państwo w dowolnym momencie wycofać (bez wpływu na zgodność z prawem przetwarzania przed jej wycofaniem).
• Dane osobowe przechowujemy przez okres niezbędny do wykonania zadań Administratora oraz realizacji obowiązku archiwizacyjnego, które wynikają z przepisów prawa.

[Podstawa prawna: rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (Dz. Urz. UE L 119 z 4.05.2016)]